W analizie sektorowej dokonuje się oceny atrakcyjności inwestowania w spółki należące do danej gałęzi gospodarki. Na tym etapie przeprowadzanej analizy fundamentalnej ocenia się przewidywaną opłacalność i ryzyko inwestowania w danej gałęzi. Uwzględnia się także pozycję sektora w relacji do cyklu gospodarczego i warunków makroekonomicznych (głównie w celu odpowiedzi na pytanie, jakie są jego zdolności do rozwoju w stosunku do całej gospodarki – czy będzie to rozwój szybszy czy też wolniejszy). Analizie poddaje się także czynniki jakościowe charakteryzujące dany sektor, które stwarzają dodatkową szansę na rozwój (doskonałość technologiczna, ochrona rynku przed obcą konkurencją).
W dalszych etapach analizy fundamentalnej przechodzi się do analizy konkretnych spółek z wybranej branży. Dokonuje się tzw. analizy sytuacyjnej spółki. Głównym celem staje się tutaj ocena spółki na tle całej gałęzi. Pod uwagę bierze się przede wszystkim aspekty pozafinansowe, jak: jakość zarządzania, prowadzony marketing, aspekty produkcyjne, jakość kadry, strategię spółki w przyszłości, silne i słabe strony spółki oraz okazje i zagrożenia, jakie stwarza jej działalność.
Kolejnym etapem analizy fundamentalnej jest analiza finansowa. Stanowi ona ocenę całokształtu działalności gospodarczej firmy, łącznie z jej efektem końcowym w postaci wyniku finansowego oraz stanu majątkowo-finansowego. Najczęściej przeprowadza się ją za pomocą analizy wskaźnikowej.