Koszty surowców i energii, obejmujące koszty zakupu ropy naftowej i pozostałych surowców oraz koszty zakupu energii koniecznej do prowadzenia działalności, wynosiły w opisywanym okresie odpowiednio 6.122 mln PLN, 4.667 mln PLN i 6.436 mln PLN. W ujęciu procentowym stanowiło to odpowiednio 37,2%, 29,5% i 31,4% wartości przychodów ze sprzedaży. Zmniejszenie wartości kosztów surowców i energii w 1998 r. o 23,8% w stosunku do roku poprzedniego było związane głównie ze znacznym spadkiem cen ropy nabywczej przez PKN ORLEN w następstwie ogólnego spadku światowych cen ropy. W1999 r. koszty surowców i energii zwiększyły się o 37,9% w porównaniu z rokiem 1998, co było związane głównie ze wzrostem cen ropy na rynkach międzynarodowych i wzrostem kursu dolara.
Wartość sprzedanych towarów i materiałów zmniejszyła sięw 1998 r. o 12,4% z 3.613 mln PLN w 1997 r. do 3.167 mln PLN w 1998 r. Spadek wartości sprzedanych towarów i materiałów był w 1998 r. spowodowany zmniejszeniem wolumenu i cen kupowanych towarów, głownie paliw i olejów nabywanych przez CPN w celu odsprzedaży. W 1999 r. nastąpił minimalny spadek wartości sprzedanych towarów i materiałów (zaledwie o 0,1%).
Na koszty usług obcych, jakie ponosi PKN ORLEN, składają się w największym stopniu płatności dla PERN, DEC i PKP za transport ropy naftowej i produktów paliwowych, opłaty dla PERN i Naftobaz za składowanie ropy naftowej oraz produktów paliwowych i Naftoportu oraz Portu Północnego za rozładunek i przechowanie ropy naftowej, koszty utrzymania i remontów. Koszty usług obcych wzrosły w 1998 r. o 17,0% w stosunku do roku poprzedniego do poziomu 1.016 mln PLN w porównaniu z 868 mln PLN w 1997 r. W 1999 r. koszty usług obcych wzrosły o 27,2% do poziomu 1.293 mln PLN. Wzrost kosztów usług obcych był spowodowany podwyżką, opłat za transport i składowanie paliw przez PERN, DEC i Naftobazy, a w mniejszym stopniu wzrostem wolumenu przetworzonego surowca i sprzedanych produktów. Do czynników wpływających na łączny wzrost kosztów usług obcych Grupy PKN ORLEN należały czynniki inflacyjne, większe ilości produkowanych, transportowanych i magazynowanych paliw oraz procesy restrukturyzacyjne, w wyniku których utworzone zostało 7 nowych spółek na bazie służb utrzymania ruchu oraz 15 spółek na bazie służb serwisowych. W przypadku DEC i Naftobaz wzrost kosztów spowodowany był również wydzieleniem ich ze struktur byłej CPN, odpowiednio w listopadzie 1996 r. i lipcu 1997 r. Od momentu wydzielenia spółki te zaczęły pobierać od byłej CPN opłaty według cen rynkowych, odzwierciedlających w większym stopniu ich koszt jako oddzielnych podmiotów.
Koszty zatrudnienia obejmują głównie wynagrodzenia i dodatkowe świadczenia na rzecz pracowników wraz z narzutami. W kolejnych latach opisywanego okresu wynosiły one odpowiednio 646 mln PLN, 697 mln PLN i 795 mln PLN. Oznacza to wzrost kosztów plac z narzutami o 7,8% w 1998 r. i 14,1% w 1999 r. Redukcja zatrudnienia złagodziła wpływ czynników inflacyjnych na wzrost kosztów plac. Dodatkowo w 1998 r. nie wypłacono rocznej nagrody, której łączna wartość w 1997 r. wyniosła 33 mln PLN. Wzrost kosztów zatrudnienia w 1999 r. wynikał z podwyżek plac związanych z inflacją, oraz wypłaconej w kwocie 16,3 mln PLN nagrody dla pracowników CPN z okazji 55-lecia firmy.
Grupa PKN ORLEN wypłaciła w kolejnych latach opisywanego okresu nagrody jubileuszowe i odprawy emerytalne w łącznej kwocie odpowiednio 14 mln PLN, 13 mln PLN i 15 mln PLN. Średni poziom zatrudnienia w PKN ORLEN obniżył się w latach 1997-1999, co było związane z przeprowadzanym w Spółce procesem restrukturyzacji głownie z powodu przeniesienia części pracowników do spółek zależnych i stowarzyszonych i ze stosunkowo dużą liczbą osób przechodzących na wcześniejsze emerytury.
Zgodnie z przyjętym programem kompensacyjnym Grupa PKN ORLEN dokonuje dodatkowych wypłat z tytułu odpraw w przypadku realizacji przekształceń organizacyjnych (związanych z koniecznością zwolnień pracowników).
Zgodnie z przyjętą przez Grupę PKN ORLEN długofalową strategią rozwoju, w przypadku przeprowadzenia dodatkowych działań restrukturyzacyjnych może nastąpić wzrost kosztów zatrudnienia w krótkim i średnim terminie.
Wartość amortyzacji wzrosła w 1998 r. o 22,9% (z 412 mln PLN w 1997 r. do 506 mln w 1998 r.) i o 25,2% (do 634 mln PLN) w 1999 r. Spowodowane było to głownie oddaniem do eksploatacji nowych i zmodernizowanych instalacji zarówno w 1998 r., jak i 1999 r.
Podatki i opłaty obejmują głownie podatek akcyzowy, podatek od nieruchomości i podatek VAT od wydatków nie stanowiących kosztów uzyskania przychodu, który nie podlega zwrotowi. W 1998 r. odnotowano wzrost wartości kosztu podatków i opłat o 39,8%, z 3.859 mln PLN w 1997 r. do 5.394 mln w 1998 r. i o 36,3%, do 7.353 mln PLN w 1999 r. Główną przyczyną tak znaczącego wzrostu wartości kosztów z tytułu podatków i opłat był wzrost wartości naliczonego podatku akcyzowego o 37,9% w 1998 r. i 40,0% w 1999 r. w stosunku do roku poprzedniego. Wartość podatku akcyzowego, jakim obciążona była Grupa PKN ORLEN, wynosiła w kolejnych latach 1997, 1998 i 1999 odpowiednio 3.729 mln PLN, 5.141 mln PLN i 7.198 mln PLN. Przyczyną tak znaczącego wzrostu kosztów z tytułu podatku akcyzowego była 4-krotna w 1998 r. i 4-krotna w 1999 r. podwyżka stopy podatku akcyzowego na produkty rafineryjne . Wzrost podatku i opłat był spowodowany również wzrostem kosztów z tytułu podatków od nieruchomości, w wyniku podwyższenia stawek tego podatku przez władze lokalne. Dodatkowym czynnikiem mającym wpływ na wzrost podatków i opłat były oddane do użytku obiekty inwestycyjne oraz nie podlegający odliczeniu podatek VAT [3, s. III / 9 – 11].