Do podstawowych wad analizy fundamentalnej można zaliczyć:
- założenie, że spółka, której zyski rosły do tej pory, będzie umacniać się nadal – zyski spółek nie rosną, dlatego, że robiły to w niedalekiej przeszłości, lecz dlatego, że spółki są znakomicie zarządzane, dysponują coraz lepszą technologią i są świetnie promowane,
- założenie, że tempo wzrostu utrzyma się na obecnym poziomie,
- domniemanie, że w życiu gospodarczym nie występują żadne fluktuacje – w gospodarce kapitalistycznej występują ekspansje i recesje, których skutki odczuwają niemal wszystkie przedsiębiorstwa,
- brak uwzględnienia faktu, że ceny rynkowe wyprzedzają wiedzę fundamentalną,
- jedną z poważniejszych wad analizy fundamentalnej jest przyjmowane założenie o utrzymaniu się obecnych tendencji ujawnianych w raportach finansowych. W prawdziwym życiu gospodarczym tendencje się zmieniają, co powoduje, że prognozowanie staje się znacznie utrudnione.
Sens analizy fundamentalnej polega nie na wskazaniu firm dobrych, ale na wyselekcjonowaniu spółek, które są lepsze niż ktokolwiek może przypuszczać, czy też sądzić. Analogicznie firmy kiepsko postrzegane przez rynek mogą stanowić doskonałe okazje inwestycyjne, jeśli oczywiście nie są aż tak złe jak to się powszechnie wydaje. Nie wystarczy, zatem przeprowadzenie dobrej analizy fundamentalnej – zarobić można jedynie wtedy, kiedy przeprowadzona analiza jest lepsza niż analiza konkurencji.
Przeciwnicy analizy fundamentalnej bardzo często podważają możliwość uwzględnienia bardzo dużej liczby różnego rodzaju ryzyk w sporządzanej wycenie spółki, w tym m.in. ryzyka stopy procentowej związane ze zmianą podstawowych stóp procentowych na rynku, ryzyka kursów walut na rynku, ryzyka siły nabywczej – zwane też ryzykiem inflacji, ryzyka politycznego związanego ze zmianami legislacyjnymi, podatkowymi itp.